高效液相色譜柱會經常遇到以下五個問題：
1.液相色譜柱柱壓問題
柱壓問題是使用高效液相色譜過程中需要密切注意的地方，柱壓的穩定與色譜圖峰形的好壞、柱效、分離效果及保留時間等密切相關。
1.1壓力過高：
這是高效液相色譜在使用中非常常見的問題，指的是壓力突然升高，一般都是由于流路中有堵塞的原因。
此時，我們應該分段進行檢查：
(1)首先斷開真空泵的入口處，此時，PEEK管里充滿液體，使PEEK管低于溶劑瓶，看液體是否自由滴下，如果，液體不滴或緩慢滴下，則是溶劑過濾頭堵塞。
處理方法：用30%的硝酸浸泡半個小時，在用超純水沖洗干凈。如果液體自由滴下，溶劑過濾頭正常，再檢查;
(2)打開Purge閥，使流動相不經過柱子，如果壓力沒有明顯下降，則是過濾白頭堵塞。
處理方法：將過濾白頭取出，用10%的異丙醇超聲半個小時。如果壓力降至100PSI(6.7Bar)以下，過濾白頭正常，再檢查;
(3)把液相色譜柱出口端取下，如果壓力不下降，則是柱子堵塞。
處理方法：如果是緩沖鹽堵塞，則用95%的水沖至壓力正常。如果是一些強保留的物質導致堵塞，則要用比現在流動相更強的流動相沖至壓力正常。
假如，按上面的方法長時間沖洗壓力都不下降，則可考慮將柱子的進出口反過來接在儀器上，用流動相沖洗液相色譜柱。
這時，如果色譜柱柱壓仍不下降，只有換色譜柱柱子入口篩板，但是，一旦操作不甚，很容易造成色譜柱柱效下降，所以，盡量少用。
1.2壓力過低
壓力過低的現象一般是由于系統泄漏
處理方法：尋找各個接口處，特別是色譜柱兩端的接口，把泄漏的地方旋緊即可。當然，還有一個原因就是泵里進了空氣，但此時表現的往往是壓力不穩，忽高忽低，更嚴重一點會導致泵無法吸上液體。
處理方法：打開Purge閥，用3～5mL/min的流速沖洗，如果不行，則要用專用針筒在排空閥處借住外力將氣泡吸出。
2.漂移問題主要包括基線漂移和保留時間漂移。
2.1液相色譜基線漂移
一般說來，液相色譜儀剛起動時，基線容易漂移，大概要半個小時的平衡時間，如果，你用了緩沖溶液或緩沖鹽，還有就是在低波長下(220nm)平衡時間相對會比較長，但是，如果你在實驗過程中發現基線漂移，則你要考慮下面的原因：
①紫外燈能量不足。
解決方法：更換新的紫外燈;
②柱溫波動。
解決方法：控制好柱子和流動相的溫度，檢查是否有打開的窗戶或空調對著柱溫箱。
③流通池被污染或有氣體。
解決方法：用甲醇或其他強極性溶劑沖洗流通池。如有需要，可以用1N的硝酸(不要用鹽酸)。
④流動相污染、變質或由低品質溶劑配成。
解決方法：檢查流動相的組成，使用高品質的化學試劑及HPLC級的溶劑。
⑤樣品中有強保留的物質(高K'值)以饅頭峰樣被洗脫出，從而，表現出一個逐步升高的基線。
解決方法：使用保護柱，如有必要，在進樣之間。在分析過程中，定期用強溶劑沖洗柱子。
⑥檢測器沒有設定在吸收波長處。
解決方法：將波長調整至吸收波長處;
⑦流動相的pH值沒有調節好。
解決方法：加適量的酸或堿調至pH值;
2.2保留時間漂移
保留時間重現是液相性能好壞的一個重要標志，同一種東西，兩次的保留時間相差不要超過15s，超過了半分鐘可看做保留時間漂移，就無法進行定性，你要考慮以下原因：
①溫控不當。
解決方法：調好柱溫，檢查是否有打開的窗戶或空調對著柱溫箱。
②流動相比例變化。
解決方法：檢查四元泵的比例閥是否有故障。
③色譜柱沒有平衡。
解決方法：在每一次運行之前給予足夠的時間平衡色譜柱。
④流速變化。
解決方法：重新設定流速。
⑤泵中有氣泡。
解決方法：從泵中除去氣泡。
2.3峰型異常問題
峰型問題是液相的主要問題，在做液相過程中，我們就是要變換不同的條件來改善不好的峰型，對于各種各樣的異常峰，要區別對待，從主要問題出發，一個一個加以解決。
①所有峰均為寬峰。
解決方法：系統未達到平衡;
溶解樣品的溶劑極性比流動相差很多;
色譜柱尺寸及類型選擇不正確;
色譜柱或保護柱被污染或柱效降低;
溫度變化造成的影響。
②所出峰比預想的小。
解決方法：樣品黏度過大;進樣品故障或進樣體積誤差;檢測器設置不正確，定量環體積不正確;檢測池污染;檢測器燈出現問題。
③色譜圖中未出峰。
解決方法：系統未進樣或樣品分解;
泵未輸液或流動相使用不正確;
檢測器設置不正確;
針對以上情況成因作相應調整即可。
④一個峰或幾個峰是負峰。
解決方法：流動相吸收本底高;進樣過程中進入空氣;樣品組分的吸收低于流動相。
⑤所有峰均為負峰。
解決方法：信號電纜接反或檢測器輸出極性設置顛倒;
光學裝置尚未達到平衡。
⑥出現雙峰或肩峰。
解決方法：進樣量過大;樣品濃度過高;
保護柱或色譜柱柱頭堵塞;
保護拄或色譜柱污染或失效;
柱塌陷或形成短通道。
⑦前伸峰。
解決方法：進樣量或樣品濃度高;
溶解樣品的溶劑較流動。
